Michael zit weer achter de tralies, opgesloten in een gruwelijke Panamese penitentiaire inrichting die na gevangenisrellen is verlaten door de autoriteiten.
OrientaciónIn Sona heeft Michael een aanvaring met de leider van de gevangenis. Elders heeft Lincolns zoektocht naar Sara vreselijke gevolgen.
Fire/Water
A2
Fire/WaterMichael probeert zijn medegevangene James Whistler te beschermen. James bezit de sleutel tot Michaels vrijheid. Ondertussen doet Lincoln onderzoek naar Sofia.
Call Waiting
A3
Call WaitingMichael raakt meermaals op een dood spoor maar komt meer te weten over Whistler, die Michael de waarheid vertelt. Ondertussen probeert Lincoln Sara en LJ te redden.
Good Fences
A4
Good FencesAls Mahone begint te hallucineren en T-Bag omhoog klimt in de gevangenishiërarchie, zet Michael een ontsnappingsplan in gang.
Interference
A5
InterferenceMichaels ontsnappingsplan valt op het laatste moment in het water. Intussen komt er een nieuwe gevangene aan die meer weet over Whistlers verleden.
Photo Finish
A6
Photo FinishWhistler wordt net voor de ontsnapping beschuldigd van moord. Later sluit Mahone een betere deal en Lincoln en Sofia moeten de bewaker drogeren.
Vamonos
A7
VamonosLoyaliteit verandert als Michael en Whistler worden gedwongen te strijden tot de dood. Ondertussen wordt Lechero's machtspositie aangetast.
Bang and Burn
A8
Bang and BurnSusan doet een laatste wanhopige poging om Whistler direct uit Sona te bevrijden en het plan maakt iedereen overbodig.
Boxed In
A9
Boxed InDe nieuwe directeur van Sona plaatst Michael in eenzame opsluiting maar biedt hem uiteindelijk hoop. Mahone en T-Bag sluiten zich aan bij het tunnelontsnappingsteam.
Dirt Nap
A10
Dirt NapMichael, Mahone, Whistler en Lechero proberen te ontsnappen door de tunnel. Ondertussen vindt Sofia een portefeuille in Whistlers tas.
Under and Out
A11
Under and OutAls Michael zijn laatste hand legt aan het ontsnappingsplan, keren zijn medecomplotteurs zich tegen hem. Whistler overweegt ze te verraden als Sofia wordt bedreigd.
Hell or High Water
A12
Hell or High WaterMichael, Whistler en McGrady ontsnappen uit Sona maar niet alles verloopt volgens plan en de uitwisseling komt in gevaar.
The Art of the Deal
A13
The Art of the DealTegen het einde van het derde seizoen worden LJ en Whistler uitgewisseld, maar meer verrassingen volgen. Ondertussen begint T-Bags gekonkel zijn vruchten af te werpen.
