Una nuova alba - Parte 1Il padre di Arianna è morto e lei è diventata Regina, ritrovandosi in guerra con il suo vecchio avversario Pasifae; poiché il regno è sull'orlo del collasso, la lotta per il potere è sanguinosa.
Una nuova alba - Parte 2
E2
Una nuova alba - Parte 2Pasifae assedia Atlantide e senza il Palladium a proteggerla, la città sembra destinata a cadere. L'ultima speranza rimasta spetta a Jason, Hercules e Pythagoras, ma lontano da casa loro stanno combattendo già di loro una battaglia disperata.
Telamone
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TelamoneArianna viene formalmente incoronata Regina, ma con Pasifae ancora in libertà e la città in lotta all'indomani della battaglia, Atlantis rimane vulnerabile in effetti.
Il principe traditore
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Il principe traditoreQuando i piani per il matrimonio reale avanzano, Arianna deve intraprendere un viaggio verso la patria di Telemone, Egina. Con il regno ancora tormentato da Colcheans, Jason non è l'unico che teme per la sicurezza della regina.
Il giorno dei morti
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Il giorno dei mortiMentre la polvere si deposita, il gruppo si ritrova circondato da sparse nuove necropoli. Diventa subito chiaro che non sono soli e che sono circondati da un esercito di non morti.
Le sorelle Graie
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Le sorelle GraieMentre Arianna si trova sul letto di morte, il senso di colpa di Jason è quasi troppo da sopportare per lui, così decide di fare tutto il possibile per salvarla e si imbarca in una missione pericolosa verso l'ignoto.
Un fato peggiore della morte
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Un fato peggiore della mortePasifae vuole a tutti i costi evitare che Jason sposi Arianna e per farlo è disposta a tutto...
La pazzia di Ercole
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La pazzia di ErcoleJason è stato condannato a morte per aver ucciso l'Oracolo e, di fronte alla impressionante volontà dei sommi sacerdoti, sembra che ci sia poco da fare per salvarlo, persino per Arianna.
Lo sguardo della Gorgone
E9
Lo sguardo della GorgonePasiphae ha sequestrato Atlantis e la vita di Arianna è in bilico, ma gli eroi sono stati costretti a cercare rifugio in alta montagna sopra la città e sono in lotta per la loro sopravvivenza.
La luce morente
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La luce morenteLa profezia dell'Oracolo è diventata realtà: le rivelazioni circa Pasiphae hanno annerito il cuore di Jason, e ormai ha poco a che fare con l'uomo che era. Il suo atteggiamento è imprudente e sconsiderato, e sembra non preoccuparsi
La stirpe
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La stirpeJason è stato catturato dalle truppe di Pasifae e gli altri fanno tutto il possibile per salvarlo prima che si perda per sempre. Nel frattempo Aeson si imbarca in una missione coraggiosa e pericolosa ad Atlantis per salvare suo figlio.
La regina deve morire
E12
La regina deve morireDopo combattimenti all'ultimo sangue, profezie avverate, dolori e sofferenze, Atlantis giunge all'ultimo episodio della seconda stagione.
