20世紀末、英国では不可解な吸血鬼事件が頻発し、大英帝国王立国教騎士団、通称「ヘルシング機関」はその対処にあたっていたが、暗躍する謎の組織によりヘルシング本部は強襲を受ける。またヴァチカンの「イスカリオテ機関」の吸血鬼事件への介入によりアーカードに匹敵する神父、アンデルセンとの死闘を繰り広げていた。一連の吸血鬼事件及びヘルシング本部に強襲を仕掛けた犯人はナチスの残党により結成された「ミレニアム」であることが判明する。ミレニアムのロンドン侵攻によりヘルシング機関、イスカリオテ機関、ミレニアムの三つ巴の戦いが繰り広げられることとなる。
