Gordon får travlt, da Hugo Stranges mutationer slipper ud af laboratoriet og ud på Gothams gader, hvor de overvælder byen med en massiv bølge af kriminalitet.
Mad City: Better to Reign in Hell...Gordon tager ud i Gothams gader for at finde den skøre videnskabsmand og superskurk Hugo Strange og hans assistent Fish Mooney.
Mad City: Burn the Witch
E2
Mad City: Burn the WitchProfessor Strange er stadig på fri fod, men Fish er fast besluttet på at finde ham. Samtidig leder Gordon og journalisten Valerie Vale efter Fish.
Mad City: Look Into My Eyes
E3
Mad City: Look Into My EyesGordon går med til at hjælpe Jervis Tetch, som lige er kommet til Gotham, med at finde hans forsvundne søster, Alice. Penguin forbereder sig på borgmestervalget.
Mad City: New Day Rising
E4
Mad City: New Day RisingPenguin står til at blive borgmester i Gotham. Bruce og Alfred finkæmmer byen efter Bruces dobbeltgænger, som har påtaget sig Bruces identitet.
Mad City: Anything for You
E5
Mad City: Anything for YouMens Bruce leder efter Ivy, står den nyvalgte borgmester Cobblepot overfor en stak valgløfter og et hidtil uset højt niveau af kriminalitet.
Mad City: Follow the White Rabbit
E6
Mad City: Follow the White RabbitDen sadistiske Mad Hatter tvinger Gordon til at træffe et svært valg. Edward "Ed" Nygma, der elsker puslespil, mødes med en gammel ven.
Mad City: Red Queen
E7
Mad City: Red QueenEn konfrontation med Mad Hatter sender Gordon ned i en psykedelisk spiral. Penguin har svært ved at acceptere Nygmas nye forhold.
Mad City: Blood Rush
E8
Mad City: Blood RushMens den hårdt prøvede Barnes synker længere ned i vanviddet, arbejder Nygma på sit forhold til Isabella. Falcone holder en forlovelsesfest for Lee og Mario.
Mad City: The Executioner
E9
Mad City: The ExecutionerGordon opfordrer Bullock til at undersøge Barnes, og Nygma henvender sig til Penguin, da han får dårlige nyheder. Ivy betror sig til Bruce og Selina.
Mad City: Time Bomb
E10
Mad City: Time BombEn ny trussel dukker op før Lee og Marios prøvemiddag inden brylluppet. Bruce begynder at afdække hemmelighederne bag Court of Owls.
Mad City: Beware the Green-Eyed Monster
E11
Mad City: Beware the Green-Eyed MonsterMens virussen spreder sig i byen, løber udviklingen af en modgift på laboratoriet ind i problemer. Gordon og Mario kommer op at toppes inden brylluppet.
Mad City: Ghosts
E12
Mad City: GhostsGordon og Bullock afslører fordækte planer om at genoplive en gammel fjende. Selinas mor vender tilbage til Gotham. Penguin forbereder sig til borgmesterposten.
Mad City: Smile Like You Mean It
E13
Mad City: Smile Like You Mean ItDwights beslutning om at genoplive Jerome skaber røre i hans flok. Penguin og Nygmas magtkamp tager til.
Mad City: The Gentle Art of Making Enemies
E14
Mad City: The Gentle Art of Making EnemiesJerome går efter Bruce. Gordons onkel kommer på besøg, og Penguin og Nygma konfronterer deres problemer.
Heroes Rise: How the Riddler Got His Name
E15
Heroes Rise: How the Riddler Got His NameEn ny, suspekt skurk ankommer til Gotham, da Nygma introducerer The Riddler. Foruroligende detaljer kommer for dagen om Gordons fars død.
Heroes Rise: These Delicate and Dark Obsessions
E16
Heroes Rise: These Delicate and Dark ObsessionsEt frygteligt våben truer byen, og Bruce begynder sin træning hos shamanen. Gordon opdager nogle overraskende forbindelser i sit stamtræ.
Heroes Rise: The Primal Riddle
E17
Heroes Rise: The Primal RiddleDer er en anspændt stemning, da nogle af Gothams mest frygtede skurke – inklusive hr. Freeze – mødes for at diskutere nogle forfærdelige tal.
Heroes Rise: Light the Wick
E18
Heroes Rise: Light the WickEn frygtelig sandhed bliver afsløret. Gordon presser Kathryn for at få en plads ved Court of Owls bord. Bruce træner mere ihærdigt.
Heroes Rise: All Will Be Judged
E19
Heroes Rise: All Will Be JudgedShamanen afslører sine planer. En fantastisk opdagelse låser op for hemmelighederne blandt Gothams underverden. Penguin og Riddler er tvunget til at arbejde sammen.
Heroes Rise: Pretty Hate Machine
E20
Heroes Rise: Pretty Hate MachineEn dødelig virus truer Gotham. Nogle af byens mest vanvittige slyngler slår sig sammen, og den unge Bruce er klar til at acceptere sin skæbne.
Heroes Rise: Destiny Calling
E21
Heroes Rise: Destiny CallingForsøget på at finde en kur intensiveres, mens mørket falder over Gotham – og skurketrioen lægger planer. Bruce kæmper med at få fred med sin fortid.
Heroes Rise: Heavydirtysoul
E22
Heroes Rise: HeavydirtysoulI finalen på 3. sæson forsøger Gordon at vinde Lee tilbage, mens tidligere alliancer i Gotham City brydes, og nye alliancer dannes.
