两人的小镇-Welcome To Our Town-母亲麻弥的血是蓝色的！绫人受到了冲击。遭到攻击的翼神世音与绫人完全同步，粉碎了多连姆·最强音，并就此形成“回廊”飞离。从外部看到故乡的绫人，目睹了被称为东京朱庇特的存在。终于到了遥告知真相的时刻。被谜之存在MU占领的首都，被奇妙的膜所包裹，居民们被迫过着虚假的生活。而且与外部产生了长达12年的时间差。
自己的时间-Watch The Year Hand-
第4集
自己的时间-Watch The Year Hand-被收容在TERRA特务航空母舰莉莉娅·利特瓦克号上的绫人。那是与神秘少女·如月久远等许多人相遇的开始。翼神世音作为OOPARTS被移送到特设运输舰尤利西斯号，从东京朱庇特而来的绫人也遭到监禁。那时，从深海接近的新多连姆·格莱弗发动了攻击。接着，仿佛回应绫人的呼喊一般，翼神世音扯断缆线启动了。
根来神至-On Earth As It Is In Heaven-
第5集
根来神至-On Earth As It Is In Heaven-由于绫人击退了多连姆，向联合运送翼神世音的计划中止，改为安置在TERRA的根据地根来岛的根来遗迹并进行运用。其身体石化正在进展。绫人也作为TERRA的一员被接纳。在如月博士的带领下，绫人被带往新的家。那里是遥与妹妹恵共同居住的六道家。与恵共度直至晚餐的宁静时光，在遥和艾尔菲的酒疯、小猫布奇的大闹之中，绫人的心逐渐敞开。
聚集之日-Phantom In The Cloud-关于根来岛的贰神记者的独家采访开始了。另一方面，艾尔菲以下4名飞行员作为TERRA航空团阿尔法小队到任，地球联合则派遣一色作为监察官前来。持续搭乘翼神世音的绫人，迎击了逼近的巨大多连姆，拯救了因D1咏叹调而痛苦的艾尔菲。但作为交换，翼神世音被等离子发生云笼罩，遭到电击。在被异常高温包围的奏者之座中痛苦的绫人所看到的是……
追忆的奏鸣曲-War In The Rememberance-绫人的战斗中不再有迷茫，翼神世音已能轻松地与α小队协同击倒多连姆。某日，功刀司令因私事要外出一天。据说那是他特别的日子。久远用功刀那里的乐谱忘我地拉起了小提琴奏鸣曲。但是，总觉得缺少了什么。功刀被贰神追问采访，回忆起了MU突然袭来那日的事情。在那命运之日，他正与当时的上司激烈争论……
镜中的少年-Time After Time-久远终于觉醒了——这被海伦娜·巴贝姆所知悉，并决定将其移交给财团。艾尔菲正在对刚配备的新战力瓦米利恩进行测试。但是，偷听到八云和艾尔菲争吵的绫人，终于得知自己体内有MU反应。此时多连姆来袭，D1警报发布。代替处于迷茫中的绫人，艾尔菲驾驶瓦米利恩出击迎击，但……
蓝血的羁绊-The Memory Of A Lost City-潜入东京朱庇特内部的遥和艾尔菲监视着神名家。与母亲麻弥重逢的绫人身体发生异变并发出惨叫，翼神世音呼应般开始在街上暴走。2体多连姆出动镇压。麻弥即将向绫人告知MU们的真面目。那时，巴贝姆岛的黑色之卵回应了躺在东京医院的久远的歌声，开始了量子分解。混乱之中，来见绫人的浩子被枪击中了……
蓝色的朋友-Ticket to Nowhere-
第19集
蓝色的朋友-Ticket to Nowhere-久远终于觉醒了——这被海伦娜·巴贝姆所知悉。带着浩子逃出东京朱庇特的绫人，将翼神世音藏在湖底，开始了两人相依为命的逃亡之旅。害怕自己流出的蓝色血液，紧紧依偎着绫人的浩子。潜伏在某镇旅馆的绫人，为了与浩子的生活，靠体力劳动赚钱度日。他们的行踪正被贰神及其部下追查。多连姆接近了两人所在的城镇，绫人为保护浩子驾驶翼神世音出击。但是，那个与多连姆同心一体的MU的真面目是……
世音的印记-Good Bye My Friend-一色新司令官下达了TERRA的“坠落”作战命令。即使用6架T·J爆破装置来消灭东京朱庇特的绝对障壁。被一色要求协助的绫人，虽然得到了考虑的时间，与小夜子和树见了面，却仍未察觉自己的话语微妙地偏离了真相。也未能察觉自己身上被刻下的“翼神”印记的意义……。然后，被六道家藏匿的守，对一直温柔待他的恵突然露出了獠牙。
从现在到永远-Where The Sweet Bird Song-东京朱庇特消失了。然而其结果，是MU的空中都市在世界各地出现并持续增殖，翼神世音则回归为次元卵。九鬼操纵着巨大的多连姆·拉尔戈逼近根来。TERRA开始将根来的全体岛民转移到舰队上并开始撤退。在莉莉娅·利特瓦克号难民中的绫人，在船上与美屿玲香再次相会。察觉时，两人已伫立在时之祠前。那时，理应空无一人的TERRA本部出现了一个男人的身影。
神的不确定音-Deus Ex Machina-翼神世音的身姿逐渐被耀眼的光芒包裹。太平洋上出现了MU的多连姆群，与地球联合舰队交战。但是，绫人的意识在现实的壁垒前，仍未完全觉醒。守的多连姆·强制者对不动的翼神世音挥出利爪，怀着对浩子被杀的怨恨，拖出了奏者之座。那里并没有绫人的身影。就在这一瞬间，太平洋上响彻了少年的歌声。真圣翼神世音（绫人），终于迎来觉醒的时刻。
遥远的彼方-Time Enough For Love-
第26集
遥远的彼方-Time Enough For Love-茫漠的大海呈现出终结的景象。在恵的鼓励下，遥怀揣决心离开了海边。为了再次取回失去之物。绫人与久远在不知名的世界中对话着。天空如今已化为神明的战场。成为世界真实心脏的2体真圣翼神世音释放着波动，持续战斗着。但是，绫人的心仍然无法取回失去的真实。于是，遥驾驶着VTOL飞向绫人所在之处。
