STONE WORLD超人的な頭脳を持つ根っからの科学少年・千空と体力自慢でまっすぐな性格の親友・大樹。幼馴染の杠に、長年片想いし続けている大樹は、千空にからかわれつつも、ついに杠への想いを告げようとする。しかし、突如、空がまばゆい光で覆われ、世界中の人類が一瞬にして全て〝石化〟してしまう謎の現象が起こる……!!それから約3700年後――。文明が全て消えた〝石の世界〟（ストーンワールド）〟で、石化から解放された千空と大樹は再会を果たし、ゼロから文明を作り出すことを誓う！
KING OF THE STONE WORLD
第2話
KING OF THE STONE WORLDある日、世界中の人類が一瞬にして全て石化してしまう謎の現象が起こる……！それから約3700年後の世界で目覚めた千空と大樹は、文明が全て消えた石の世界（ストーンワールド） で何度も実験を繰り返し、遂に石化を解く〝復活液〟を完成させた。まずは、幼馴染の杠を復活させようと試みる２人だが、思わぬ非常事態に見舞われてしまい、かつて霊長類最強の高校生といわれた男・獅子王司を復活させる！
STONE WORLD THE BEGINNING箱根の森で、遠くに狼煙を発見した千空たち。しかし、狼煙の相手と出会う前に、追いかけて来た司に見つかってしまう。杠を人質に取られた千空は、司に復活液のレシピを教えるが、「命を助ける代わりに科学を捨てろ」という取引だけは受け入れる事が出来ずに殺される。怒りと悲しみを隠せない大樹と杠だが、「共に闘う」という千空との約束を胸に、司へと挑む！
STONE ROADコハクの姉で村の巫女・ルリが、病に侵されている事を知った千空は、科学の万能薬〝サルファ剤〟を作るとコハクとクロムに宣言！村の少女・スイカも協力し、早速、サルファ剤に辿り着く為の、壮大なロードマップを歩み始める！ところが、ロードマップの一歩目〝製鉄〟で、マンパワー不足という壁に早々にぶち当たってしまう。そこで千空は〝科学のグルメ〟で村人を味方につけようと企む。
MASTER OF FLAMEついに始まった村の御前試合。優勝者に振る舞われる酒をゲットする為、八百長試合を計画した千空たちだったが、トーナメントは第一試合から波乱の幕開け。金狼vsマグマの最強対決となってしまった！仲間を思う強い気持ちで、マグマを圧倒する金狼だが、マグマとマントルの卑怯な手口にハマってしまう。
STONE WARS数千年の時を超えて、百夜からのメッセージを受け取った千空。村では新しい長の誕生を祝い、宴が始まっていた。そんな中、千空たちは、かつて司帝国のスパイだったゲンから、間もなく司軍が攻め入って来る事を聞かされる。そして突如、警備をしていた金狼・銀狼の前に、司軍の戦闘員・氷月が現れる！司軍の奇襲により、村は窮地へと追い込まれてしまう！
THE TREASUREスイカのお手柄によって、最強の耐熱金属・タングステンを手に入れた千空たち。真空管作りの素材として、大量のタングステンが欲しい千空は、探索好きのクロムと怪力のマグマを連れて、お宝探しの洞窟探検へと出発する！しかし、村の御前試合で敗れて以来、千空に不満を持っているマグマは、何かを企んでいる様子で……。
