With the identity of the Witness - the engineer of the reality ending Army of the 12 Monkeys - now known, Cole and his allies must travel through different eras in history to stop him.
MotherTijdens de apocalyps van 2163 zoekt Cole wanhopig naar Titan. Ondertussen moet de gevangengenomen Railly een onmogelijke keuze maken wanneer de 12 Monkeys wachten op The Witness.
Guardians
A2
GuardiansCole en Jones zijn op zoek naar Jennifer Goines in een post-Tweede Wereldoorlog Frankrijk. Ze komen daar een gevaarlijke groep tijdreizigers tegen, de Guardians.
Enemy
A3
EnemyVertrouwensbonden worden op de proef gesteld wanneer Ramse terugkeert naar de standplaats met een gevangengenomen oude vijand. Hoe ver zullen Cole en Jones gaan om antwoorden te krijgen?
Brothers
A4
BrothersRamse en Cole vertrekken naar 2007 en verwachten daar of in de val te lopen of een mogelijkheid te krijgen The Witness om te kunnen leggen. Cole ontdekt echter iets schokkends.
Causality
A5
CausalityJennifer en Deacon zijn op zoek naar antwoorden maar de race tegen de klok lijkt verloren te gaan worden. Ze worden teruggestuurd naar 1989 om een heilig document op te sporen.
Nature
A6
NatureIn 1953 worden Cole en Railly herenigd met agent Gale. Ze zijn getuigen van de geboorte van het leger van de 12 Monkeys. Hiermee wordt de oorsprong van de groep duidelijk.
Nurture
A7
NurtureCole en Railly blijken beide een ander antwoord te hebben op een ongelooflijk moeilijke beslissing. Jone wantrouwt het steeds meer terwijl Railly advies zoekt bij een emotionele bondgenoot.
Masks
A8
MasksZowel vrienden als vijanden komen tegen over elkaar te staan in Victoriaans Londen waar ze wachten op de komst van The Witness. Cole en Railly leiden hun achtervolgers op een klopjacht door tijd en ruimte.
Thief
A9
ThiefCole en Railly komen eindelijk achter het ware achtergrondverhaal van de man die zichzelf The Witness noemt. Ze komen er ook achter waarom hij de tijd wil vernielen.
Witness
A10
WitnessRailly en Cole zijn in gevaar wanneer elk mogelijke bedreiging denkbaar, daadwerkelijk voor dreiging zorgt voor het duo. The Witness vindt ondertussen zijn lotsbestemming.
