Miracles volgt Paul Callan, een onderzoeker van moderne wonderen voor de katholieke kerk die zijn geloof in twijfel trekt nadat hij herhaaldelijk alledaagse verklaringen heeft gevonden voor verschillende vermeende verschijnselen. Nadat hij getuige is van een waargebeurd, bovennatuurlijk wonder dat zijn leven redt, maar zijn bevindingen worden afgewezen wegens gebrek aan bewijs, laat Paulus de kerk achter zich en wordt hij door Alva Keel benaderd om zich aan te sluiten bij zijn organisatie Sodalitas Quaerito, die 'onverklaarbare' verschijnselen onderzoekt en catalogiseert. Samen met voormalig politieagente Evelyn Santos proberen Paul en Alva de dreigende 'duisternis' te bestrijden voordat het te laat is.
