GenesisDoor een uitbraak van het apocalypsvirus komt Japan onder het regime van GHQ. De scholier Shu ontmoet de zangeres Inori, maar ze wordt meegenomen door het leger.
Survival of the Fittest
A2
Survival of the FittestDoor genetische wapens barst de strijd los tussen Funeral Parlor en GHQ. Shu vernietigt een Endlave en ontsnapt aan gevaar. Gai dwingt hem mee te vechten.
Void-Sampling
A3
Void-SamplingDe strijd is voorbij. Shu, die niet bij Funeral Parlor wilde horen, denkt dat hij zijn rustige leven weer kan oppakken, maar hij moet zijn eigen vrijheid beschermen.
Flux
A4
FluxShu zit door Yahiro's verraad vast op verdenking van betrokkenheid bij terrorisme. Shu weet niet of hij Segai van GHQ moet geloven. De gevangenis wordt aangevallen.
A Preparation
A5
A PreparationShu ontsnapt uit de GHQ-gevangenis naar de schuilplaats van Gai om te trainen. Segai heeft stiekem een zender bij hem geplaatst om Gai te kunnen arresteren.
Leukocytes
A6
LeukocytesDe Leukocyte-satellietaanval is meedogenloos. Alle versterkingen van Funeral Parlor zijn vernietigd en Gai is gewond, maar het team zint op wraak.
Temptation
A7
TemptationNa een deal tussen Gai en Segai wordt informatie over het incident van GHQ vernietigd. Shu pakt zijn normale leven weer op en wordt verwelkomd door zijn klasgenoten.
Courtship Behavior
A8
Courtship BehaviorShu heeft problemen met Souta Tamadate, maar zijn Void is nodig voor de missie van Funeral Parlor. Hij gaat met Souta naar Oshima om zijn zoektocht te volbrengen.
Prey
A9
PreyShu heeft meer zelfvertrouwen na de Funeral Parlor-missie en wordt herenigd met Yahiro, die op de vlucht is met zijn broer Jun. Hij moet het alleen opnemen tegen Segai.
Retraction
A10
RetractionShu kan Jun niet redden en is hij bang om Voids te gebruiken door de fouten die zijn eigen ego hebben veroorzaakt. Wanneer Tokio wordt aangevallen, moet hij kiezen.
Resonance
A11
ResonanceWanneer het virus kristalliseert en zich verspreidt onder vijanden en bondgenoten, is Tokio één grote chaos. Keido pleegt een coup en geeft Funeral Parlor de schuld.
The Lost Christmas
A12
The Lost ChristmasYuu, de grafwachter van Daath, gebruikt het zwaard van de Void tegen Gai en neemt Inori mee. Shu volgt hen en ziet dat Keido wil beginnen met een onheilspellend ritueel.
Isolation
A13
IsolationMana is verdwenen. Gai is weg. Er zijn twee weken verstreken sinds het begin van de ramp. Shu houdt zich schuil samen met de andere overlevenden.
Election
A14
ElectionKeido vertelt dat er geen overlevenden meer zijn in het hermetisch afgesloten Tokio. Er dreigt een belegering van Red Line. Shu probeert de groep studenten te kalmeren.
Sacrifice
A15
SacrificeDe studenten zijn weer bedaard en Shu is de nieuwe voorzitter van de studentenraad, maar er zijn nog veel problemen. Door een tragedie moet Shu bij zichzelf te rade gaan.
The Tyrant
A16
The TyrantArgo infiltreert in het afgesloten Tokio om Arisa te redden, maar wat zal hij daar aantreffen? Wanneer de waarheid aan het licht komt, raakt Shu volledig van slag.
Exodus
A17
ExodusArisa ontdekt hoe ze de tirannie van Shu kan stoppen. Ze wordt gedwongen om te zwijgen, maar de geruchten blijven aanhouden. Shu wil het Exodus Plan uitvoeren.
Dear …
A18
Dear …Shu wordt gestraft voor zijn vele zonden. Plotseling verschijnt Gai voor hem, die dood werd gewaand, maar hij is veranderd en drijft Shu tot wanhoop.
Rebirth
A19
RebirthNa een gevecht vergeeft Inori Shu zijn zonden. Shu neemt het alleen op tegen Gai en onthult alles. Zijn wonderbaarlijke kracht leidt hem naar een nieuwe lotsbestemming.
A Diary
A20
A Diary25 december 2039. De oude wereld eindigt en een nieuwe wereld begint. Wereldwijd wordt de vierde apocalyps uitgeroepen en Shu wordt geconfronteerd met zijn vijand.
Emergence
A21
EmergenceEr begint een strijd waarvan het lot van de mensheid afhangt. Terwijl enorme krachten botsen, valt Shu afdeling 24 binnen waar Gai op hem wacht, om Inori te redden.
Convergence
A22
ConvergenceDe vierde apocalyps is op komst om de evolutie en selectie te bepalen voor degenen die op aarde leven. De twee moeten de vete uit het verleden oplossen.
