Superheld Captain Atomic krijgt een tegenslag te verduren wanneer hij Joey, een 12-jarige fan, de hand schudt. Zijn ontevreden sidekick verandert hem in een machteloze marionet. De plotseling niet meer zo superheld beseft al snel dat hij zijn oude krachten alleen kan terugkrijgen door samen te werken met de jongen – wat een droom is die uitkomt voor Joey, maar minder voor Captain Atomic. Samen vormen de twee een onwaarschijnlijke en ongemakkelijke samenwerking die hen in staat stelt het nieuwste super heldenduo van de stad te worden – bekend als Atomic Puppet.
