Sydney weet niet of Vaughn levend uit het water is gekomen, maar ze krijgt het nog moeilijker als haar dood gewaande moeder weer op het toneel verschijnt. Ze is de leider van een schurkenorganisatie die onderdelen van een mysterieuze Rambaldi-apparaat verzamelt en heeft een plan dat het leven van haar dochter in gevaar brengt. Wills hele leven verandert als hij achter SD-6 en Sydney's dubbelleven komt. Dixon twijfelt of hij Sloane moet vertellen over het verdachte gedrag van Sydney.
