西暦2999年。第三次星間戦争が終結し、ようやく戻った宇宙の平和も、ゲルマ帝国の侵攻によって打ち破られた。強力な戦力で地球防衛軍・冥王星基地を壊滅させたその先遣艦隊は、なおも地球へと迫る。この危機を救えるのはドクトル・ベンが秘かに進めていた「X計画」だけだ！そう判断した防衛軍長官、ジェネラル・黒田は、要となるXボンバーのパイロットとして、3人の若者・銀河シロー、ボンゴ・ヘラクレス、ビッグマン・リーをベンの下へ派遣する。ゲルマ帝国の探し求める「F－01」とは？そしてその鍵を握る謎の美少女ラミアの正体は？全宇宙の命運を賭けた、Xボンバーとゲルマ帝国の戦いがはじまった。
