Clannad présente la vie d'un jeune lycéen, Tomoya Okazaki , qui s'avère être un recalé, également vu par les autres comme un délinquant. Plutôt lassé de sa vie, ses journées s'avèrent être trop monotones, rien qui ne relève le défi de l'intéresser. Il espère donc voir sa vie changer un jour, et fait ainsi la rencontre de Nagisa Furukawa, étudiante dans le même lycée que lui, et qui semble plus mystérieuse qu'elle ne paraît. Ce dernier commence à faire des rêves étranges, peut-être liés à cette rencontre, et ne cesse de rencontrer une à une des filles ayant chacune des personnalités particulières. C'est ainsi que la vie de Tomoya sera bouleversée comme il ne l'aurait jamais imaginé !
