La historia gira en torno a dos chicas. Margarette Barton, es la hija de una familia de la aristocracia europea. Apenas goza de un poco de libertad y su única compañía es su criada Elenor. Parece ser que un accidente aéreo 12 años atrás le provocó una pérdida de memoria. Por otra parte, tenemos a Madlax, una agente de élite sin nombre y sin pasado que se dedica a combatir en países en guerra sumidos por el caos. Nadie conoce el verdadero nombre de Madlax o su edad.
