La historia de "Chojiku yosai Macross II - Lovers Again" se remonta 80 años después de los acontecimientos sucedidos en Macross. Ahora la tierra vive en paz donde los Zentraedis y los humanos coexisten pacíficamente. La historia se centrará en el joven reportero de la cadena televisiva SNN, Hibiki Kanzaki, cuya vida cambiara completamente cuando una nueva fuerza alienígena entra a nuestro sistema solar y este es designado a cubrir la noticia donde las Fuerzas armadas Terrícolas son enviadas a detener a los invasores. Durante la batalla, Hibiki conoce a una bella extraterrestre llamada Ishtar y aquí es donde comienza toda la historia.
