En la ciudad de Tokyo, los rumores sobre la aparición de una misteriosa chica fantasma van tomando cuerpo a medida que avanzan los días. Nadie sabe con exactitud que está pasando, pero una imparable sucesión de suicidios y asesinatos pone en alerta a toda la policía. Una detective va tras la pista de Boogiepop Phantom, el espectro que aterroriza a las personas sin corazón y que acaba llevándoles a un destino terrible. Las intenciones y verdaderos objetivos de la chica fantasma se encuentran sumidos en el más profundo de los misterios, pero la resolución del caso debe efectuarse lo más rápidamente posible, antes de la ciudad caiga presa del pánico.
